Род Мяндиных происходил из деревни Белощельской, расположенной в среднем течении реки Мезень. Дед Ивана Степановича по материнской линии, Василий Захарович Мяндин (ок. 1739–1807), служил на флоте, вернувшись в родное село в звании «отставного матроза». Знакомство родителей Ивана Мяндина состоялось, судя по всему, в Великопоженском скиту, где его мать, Ирина Васильевна, обучалась грамоте, а отец, Степан Никифорович, был помощником главного наставника Ивана Томилова. Ввиду того, что беспоповцы не признавали церковного брака и официальная регистрация отношений была невозможной, Ирина Мяндина по делопроизводственным бумагам всю жизнь значилась как «девка», а сын унаследовал фамилию матери.
Родители Ивана Мяндина содержали в своем доме в Усть-Цильме нелегальную моленную, которая была известна далеко за пределами поселения. Степан Никифорович, помимо сапожничества и перепродажи хлеба, тайно совершал требы и был одним из местных наставников. Поскольку он прихрамывал, усть-цилемцы прозвали его «поп Степан хромой». Ирина Васильевна также занималась исполнением треб и получила прозвище «панихидница». В 1847 году моленная была закрыта, а Степан Еремин распоряжением архангельского губернатора выслан в родную деревню Ценогорскую под надзор властей.
О детских и юношеских годах Ивана Мяндина доподлинно ничего не известно. Судя по всему, бóльшая их часть прошла в родном селе, где Иван под присмотром родителей и многочисленных родственников постигал азы книгописного ремесла: сохранилось несколько книг XVII–XVIII веков приписками юного Мяндина, а также отдельные листы из его ученических тетрадей по чистописанию и детские рисунки.
Немало дней провел молодой Мяндин и в Великопоженском скиту, с которым его родители поддерживали тесную связь. Кроме того, по местному преданию, он также побывал на Выгу и в Москве, где совершенствовал свои навыки. Временя поездок предание не уточняет. Впрочем, если о пребывании Ивана Степановича в Выголексинском общежительстве имеются письменные свидетельства, то о поездке в Москву приходится говорить лишь со слов его потомков.
Уже с молодости интерес Мяндина вызывала не только традиционная книжность, что в изобилии бытовала в Усть-Цильме, но и гражданская литература, которую он время от времени «почитывал».